El Instituto Costarricense de Ferrocarriles (INCOFER) reportó cuatro incidentes recientes contra el tren de Pavas. En el caso más reciente, unos desconocidos dispararon con un arma de balines contra el tren en movimiento, resultando en la destrucción de dos ventanas. Este incidente no solo ha generado temor entre los usuarios del tren, sino también un significativo costo material de aproximadamente 350 mil colones.