jueves 11 de agosto 2022

Esto encontró el Inciensa al realizar secuenciación del genoma del primer caso de “viruela del mono” en Costa Rica

¿Qué encontraron y cómo fue el proceso?

El Ministerio de Salud informó que, Inciensa logró realizar la secuenciación del genoma completo del primer caso de “viruela del mono” en Costa Rica.

Esto lo lograron a partir de la muestra recibida.

Proceso

La muestra se secuenció por la técnica de metagenómica en escopeta (del inglés shotgun metagenomics), esta metodología consistió en:

  • Tomar la muestra del paciente.
  • Hacer una extracción de todo el material genético presente (ADN del paciente, del microbiota acompañante y del virus).
  • Secuenciarlo por la tecnología de secuenciación de siguiente generación.
  • Posteriormente, al realizar los análisis computacionales (bioinformáticos), se identificó el material genético del virus y se reconstruyó su genoma.
  • Una vez reconstruido el genoma viral completo se comparó contra los genomas reportados por los demás países.
  • Se determinó a cuál clado o rama evolutiva pertenecía el virus.

“La secuenciación de este virus es de gran importancia epidemiológica, ya que, permite identificar el clado al cual pertenece el virus.

Los clados se han asociado con diferentes grados de severidad de la enfermedad y tasas de mortalidad.

Para el clado 1, se reporta una letalidad de una de cada 10 personas infectadas en los países de África central.

El clado 2 y 3 causa una enfermedad más leve y una tasa de mortalidad más baja (estimada en alrededor del 1%) y se ha descrito principalmente en África occidental”,

Francisco Duarte coordinador del laboratorio de genómica y biología molecular del Inciensa.

Francisco Duarte – INCIENSA

La secuencia del primer caso detectado en Costa Rica según esta nomenclatura pertenece al clado 3, que corresponde al clado que está produciendo el reciente brote de la enfermedad a nivel mundial.

La epidemiología genómica del virus de la viruela símica puede ser consultada AQUÍ.

El equipo multidisciplinario del laboratorio de genómica del Inciensa seleccionaron los protocolos de laboratorio adecuados para este tema.

Además, evaluaron las estrategias bioinformáticas para analizar los datos de la secuenciación.

Estas estrategias permiten generar y contextualizar los resultados genómicos de los casos que se puedan secuenciar en Costa Rica e interpretarlos a la luz de la epidemiología genómica global para seguimiento del brote.

El Centro Nacional de Referencia de Virología (CNRV) del Inciensa se continuará coordinando con la red de laboratorios tanto públicos (CCSS) como privados para identificar y diagnosticar oportunamente los posibles casos de esta enfermedad, con el objetivo de que el sistema de salud pueda aplicar las medidas de prevención y control adecuadas.

Redacción
repretel.com